Окремий тип
Мембранний модуль і біореактор встановлені окремо.
Змішаний розчин у біореакторі створюється під тиском за допомогою циркуляційного насоса, а потім перекачується до кінця фільтрації мембранного модуля. Під тиском рідина в змішаному розчині проникає через мембрану, перетворюючись на очищену воду; тверді речовини і великі молекули утримуються мембраною і повертаються в біореактор разом з концентратом.
Інтегрований тип
Мембранний модуль розміщується всередині біореактора. Живильна вода надходить у мембранний-біореактор, де більшість забруднюючих речовин видаляється активним мулом із змішаного розчину, а потім вода фільтрується через мембрану під зовнішнім тиском.
Цей тип мембранного-біореактора має відносно низьке енергоспоживання, оскільки він усуває систему циркуляції змішаного розчину та використовує-фільтрацію за допомогою насоса; він також має більш компактні розміри, ніж окремий тип, і в останні роки привернув значну увагу в галузі очищення води. Проте, як правило, він має відносно низький мембранний потік, схильний до забруднення мембрани, і його важко очистити та замінити після забруднення.
Композитний тип
За формою він також відноситься до категорії інтегрованих мембранних біореакторів. Різниця полягає в тому, що пакувальний матеріал додається всередину біореактора для формування композиційного мембранного біореактора, що змінює деякі властивості реактора.